אב הטיפוס של מסנן האוויר הוא מכשיר הגנת נשימה שאנשים משתמשים בו כדי להגן על הנשימה שלהם. לפי רישומים, כבר במאה הראשונה ברומא, אנשים השתמשו במסכה עשויה קנבוס כדי להגן עליהם בעת טיהור הכספית. בזמן הארוך מאז, גם מסנני אוויר התקדמו, אך הם משמשים בעיקר כמכשירי הגנה על הנשימה בחלק מהתעשיות המסוכנות, כמו ייצור כימיקלים מסוכנים. בשנת 1827 גילה בראון את חוקי התנועה של חלקיקים זעירים, ולאנשים יש הבנה טובה יותר של מנגנון סינון האוויר.
ההתפתחות המהירה של מסנני אוויר קשורה קשר הדוק להתפתחות התעשייה הצבאית ותעשיית האלקטרוניקה. במהלך מלחמת העולם הראשונה, עקב שימוש בחומרים כימיים שונים, נוצרו מסכות גז צבאיות המשתמשות בנייר סינון סיבי אסבסט כשכבת סינון עשן. חומרי סינון סיבי זכוכית נרשמו בפטנט בארצות הברית באוקטובר 1940. בשנות ה-50, ארה"ב ערכה מחקר- מעמיק על תהליך הייצור של נייר סינון סיבי זכוכית, ששיפר ופיתח את מסנן האוויר. בשנות ה-60 יצאו מסנני HEPA; בשנות ה-70, מסנני HEPA המשתמשים בנייר סינון מיקרו-סיבי זכוכית כמדיום הסינון, יעילות הסינון של חלקיקים בגודל חלקיקים של 013 מיקרון הייתה גבוהה עד 99.9998%. מאז שנות ה-80, עם הופעתן של שיטות בדיקה חדשות, הערכת שימוש משופרת ודרישות מוגברות לביצועי סינון, נמצא שלמסנני HEPA יש בעיות רציניות, ולכן הם יצרו מסנני ULPA בעלי ביצועים- גבוהים יותר. מדינות עדיין עובדות על מחקר, וההערכה היא שבקרוב יהיו זמינים מסנני אוויר מתקדמים יותר.